W niepublicznej szkole dopuszczalne jest zarówno zatrudnienie nauczyciela w podstawowym systemie czasu pracy (8 godzin dziennie, 40 godzin w 5-dniowym tygodniu pracy), jak i w systemie zadaniowym (art. 129, art. 140 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. Kodeks pracy, t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 917 z późn. zm.). Przy tym w systemie zadaniowym również czas pracy nie powinien przekraczać 40 godzin tygodniowo oraz obowiązują te same okresy rozliczeniowe, co w systemie podstawowym, czyli 4 miesiące, a wyjątkowo – najlepiej za zgodą nauczyciela – okresy dłuższe, maksymalnie do 12 miesięcy (art. 129 § 1 i 2 KP). W związku z wprowadzeniem zadaniowego czasu pracy organ prowadzący lub dyrektor (o ile jest upoważniony do decydowania o sprawach związanych z organizacją i wynagradzaniem nauczycieli) powinien ustalić, czy dodatkowe godziny ponad stale planowane – odpowiednik godzin ponadwymiarowych i doraźnych zastępstw w szkołach samorządowych – będą odrębnie wynagradzane, czy będą wliczane do tygodnia pracy i wypłacanego wynagrodzenia. W tym drugim przypadku, w ramach 40-godzinnego tygodnia pracy oprócz zajęć stale przydzielonych, nauczyciel pozostaje do dyspozycji dyrektora i może otrzymać stałą lub zmienną liczbę dodatkowych godzin ponad stale planowane Jeśli natomiast czas pracy nauczyciela przekroczy 40 godzin, będzie uprawniony do wynagrodzenia za godziny nadliczbowe; nie powinien jednak mieć ich stale przydzielonych. Warto rozważyć zmianę obowiązujących aktualnie regulacji określających wymiar pensum, np. poprzez wskazanie, że w ramach 40 godzin pracy, nauczyciel realizuje bezpośrednio z uczniami „nie mniej niż” określoną liczbę godzin dydaktycznych, z ewentualnym określeniem maksymalnej liczby godzin dydaktycznych. Pozwoli to na elastyczne przydzielanie godzin zarówno w trakcie roku szkolnego, jak i w każdym nowym roku, bez konieczności zmiany umowy o pracę i obowiązującego systemu czasu pracy. Samą zmianę systemu czasu pracy można wprowadzić w trybie porozumień zmieniających, czyli za zgodą nauczycieli i w umówionym z nimi terminie albo poprzez wypowiedzenia zmieniające, gdy nauczyciele nie wyrażą zgody na zmianę warunków zatrudnienia – art. 29 § 4 w zw. z art. 11, art. 42 KP. Jeśli nauczycieli obowiązuje regulamin pracy, należy dodatkowo go znowelizować w trybie art. 104¹ § 1 pkt 2, art. 104², art. 104³ KP, a jeżeli go nie ma u danego pracodawcy, należy wydać obwieszczenie o nowym systemie czasu pracy – art. 150 § 1 KP.