Od dnia 1 stycznia 2020 r. wysokość wynagrodzenia odnoszona do limitu finansowanego z dotacji samorządowej jest uzależniona od wymiaru zadań, określanego jak wymiar etatu pracownika (8 godzin dziennie, 40 godzin tygodniowo). W związku z prowadzeniem 3 niepublicznych placówek z dotacji na każdą z nich może zostać pobrane wynagrodzenie w wysokości uzależnionej od wymiaru pracy dyrektora na rzecz każdej z nich (art. 35 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 27 października 2017 r. o finansowaniu zadań oświatowych, t.j. Dz. U. z 2020 r., poz. 17). W sytuacji podanej w pytaniu niemożliwe jest wykonywanie pracy dyrektora na rzecz przedszkola i 2 szkół w pełnym wymiarze, co oznaczałoby łącznie pracę 24 godziny dziennie. Należy więc ustalić odpowiednie proporcje, według których zostanie przeliczony ww. limit, uzależnione od wymiaru zadań wykonywanych na rzecz danego przedszkola i każdej szkoły.
Wynagrodzenie można wypłacić na konto prywatne lub ewentualnie także firmowe z opisem „wynagrodzenie dyrektora niepublicznej szkoły.../niepublicznego przedszkola...”, aby nie było wątpliwości, której placówki dotyczy i z której dotacji zostało wypłacone. Jego pobranie można potwierdzić notą księgową, natomiast osoba fizyczna prowadząca niepubliczną placówkę nie może w ważny sposób sama ze sobą zawrzeć umowy, w której powierzy sobie stanowisko dyrektora za wynagrodzeniem.
Opodatkowanie wynagrodzenia dyrektora wypłaconego z dotacji jest uzależnione od formy opodatkowania, jaką wybrała dana osoba prowadząca działalność gospodarczą i będąca organem prowadzącym (np. tzw. liniówka, skala podatkowa itp.) – art. 21 ust. 36 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2019 r., poz. 1387).