Zmiana organu prowadzącego może nastąpić albo na podstawie umowy zawartej przez te osoby (organy), albo też w drodze wskazania osoby, która przejmie prowadzenie szkoły w razie zgonu osoby fizycznej dotychczas prowadzącej (art. 353¹ ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny, t.j. Dz.U. z 2019 r., poz. 1145; art. 168 ust. 4a i 4b ustawy z dnia 14 grudnia 2016 r. Prawo oświatowe, t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 1148 ze zm.). W obydwu przypadkach szkoła istnieje i kontynuuje działalność na podstawie dotychczasowego wpisu do ewidencji szkół niepublicznych, natomiast konieczne jest dokonanie aktualizacji wpisu w zakresie organu prowadzącego i podania jego danych, zgodnie z art. 168 ust. 13 i 14 PO. W przypadku zmiany organu prowadzącego szkołę wniosek o zmianę danych składa, nie później niż na miesiąc przed planowanym dniem zmiany organu prowadzącego, osoba dotychczas prowadząca szkołę. W przypadku zgonu osoby fizycznej prowadzącej szkołę wniosek składa osoba, która została wskazana w oświadczeniu wcześniej złożonym do ewidencji przez tę osobę wraz ze zgodą przyszłego organu prowadzącego, w terminie 14 dni od dnia zgonu. Zmiana organu prowadzącego następuje z dniem dokonania wpisu tej zmiany do ewidencji.