W przypadku prowadzenia przez organ prowadzący kilku placówek należy przede wszystkim mieć na względzie to, że dotację otrzymuje nie organ prowadzący, ale prowadzona przez niego placówka. 

Wydatków sfinansowanych z dotacji wykorzystanej przez jedną z prowadzonych placówek nie można rozliczać w innej placówce, i na odwrót. Uwzględniając powyższe, nie można np. w przypadku udzielenia dotacji w różnej wysokości różnym placówkom po wykorzystaniu dotacji w jednej placówce finansować wydatków z dotacji przyznanej innej placówce, której pozostała dotacja do wykorzystania.

W sytuacji prowadzenia przez organ kilku placówek różnego rodzaju, np. przedszkoli niepublicznych i szkół, należy pamiętać o tym, że możliwość sfinansowania określonego wydatku z dotacji może nie być jednakowa. W szczególności dotyczy to finansowania wydatków związanych z wyżywieniem dzieci, zwłaszcza finansowanego przez rodziców, ponieważ wynika to z dokonywanej przez doktrynę i orzecznictwo interpretacji przepisów ustawy o systemie oświaty. W świetle tych interpretacji, sfinansowanie z dotacji wyżywienia dzieci w przedszkolu niepublicznym, nawet w przypadku kiedy jest finansowane także przez rodziców, jest możliwe, a w przypadku szkół – niekoniecznie. 

Przy rozliczaniu wydatków na kilka placówek istotna jest też kwestia rozliczania mediów, tj. wody, energii elektrycznej, centralnego ogrzewania, gdy np. przedszkole i szkoła (szkoły) prowadzone przez ten sam organ zajmują jeden budynek. W takim przypadku koszty dostarczanych mediów powinny być rozliczane proporcjonalnie.